Agfdhyk

遗传密码子，核鹼基序列編碼所對應的胺基酸。

在RNA分子上一系列的密碼子(codons)，每個密碼子由3個[含氮鹼基]，對應單個胺基酸。核苷酸使用縮寫字母A、U、G和C。信使RNA採用U(尿嘧啶)代替DNA採用T(胸腺嘧啶)。此信使RNA分子將責成一個核糖體根據這個代碼合成的蛋白質。

遺傳密碼（英文：Genetic code）是一組規則，將DNA或mRNA序列以三個核苷酸為一組的密碼子轉譯為蛋白質的胺基酸序列，以用於蛋白質合成。幾乎所有的生物都使用同樣的遺傳密碼，稱為標準遺傳密碼；即使是非細胞結構的病毒，它們也是使用標準遺傳密碼。但是也有少數生物使用一些稍微不同的遺傳密碼。朊毒體以蛋白質為遺傳密碼。密码子简并性是遗传密码的突出特征。舒建军的遗传密码对称表^[1] 提供了可能的密码子-胺基酸关系的新视角，并解释了密码子简并性遗传密码背后的隐含含义/逻辑。

破解歷史

遗传密码

自從發現了DNA的結構，科學家便開始致力研究有關製造蛋白質的秘密。伽莫夫指出需要以三個核酸一組才能為20個氨基酸編碼。1961年，弗朗西斯·克里克对T₄噬菌体的某个基因中增加或删除碱基对。以该基因最终合成蛋白的情况。证明“以三个碱基对编码一个氨基酸”，以及遗传密码有固定起点，且以非重叠无分隔符形式阅读的特点。美國國家衛生院的J·海因里希·马特伊（英语：J. Heinrich Matthaei）與馬歇爾·沃倫·尼倫伯格在無細胞系統（英语：Cell-free system）環境下，把一條只由尿嘧啶（U）組成的RNA轉釋成一條只有苯丙氨酸（Phe）的多肽，由此破解了首個密碼子（UUU -> Phe）。隨後哈爾·葛賓·科拉納破解了其它密碼子，接著羅伯特·W·霍利發現了負責轉錄過程的tRNA。1968年，科拉納、霍利和尼倫伯格分享了諾貝爾生理學或醫學獎。

基因組的表達

一個生物體攜帶的遺傳信息－即基因組－被記錄在DNA或RNA分子中，分子中每個有功能的單位被稱作基因。每個基因均是由一連串單核苷酸組成。每個單核苷酸均由鹼基，戊糖（即五碳糖，DNA中為脫氧核糖，RNA中為核糖）和磷酸三部分組成。碱基不同構成了不同的單核苷酸。組成DNA的碱基有腺嘌呤（A），鳥嘌呤（G），胞嘧啶（C）及胸腺嘧啶（T）。組成RNA的碱基以尿嘧啶（U）代替了胸腺嘧啶（T）。三個單核苷酸形成一組密碼子，而每個密碼子代表一個氨基酸或停止訊號。

製造蛋白質的過程中，基因先被從DNA轉錄為對應的RNA範本，即信使RNA（mRNA）。接下來在核糖體和轉移RNA（tRNA）以及一些酶的作用下，由該RNA範本轉譯成為氨基酸組成的鏈（多肽），然後經過轉譯後修飾形成蛋白質。詳情參閱轉譯。

因為密碼子由三個核苷酸組成，故一共有4³=64種密碼子。例如，RNA序列UAGCAAUCC包含了三個密碼子：UAG，CAA和UCC。這段RNA編碼了代表了長度為3個氨基酸的一段蛋白質序列。（DNA也有類似的序列，但是以T代替了U）。

標準遺傳密碼如下表所示：由3個鹼基對應到氨基酸的密碼子表以及由氨基酸對應到3個鹼基的反密碼子表。

密码子表

RNA密码子表

氨基酸生化性质	非极性	极性	碱性	酸性		终止密码子

标准遗传密码
碱基1	碱基2								碱基3
碱基1	U		C		A		G		碱基3
U	UUU	（Phe/F）苯丙氨酸	UCU	（Ser/S）丝氨酸	UAU	（Tyr/Y）酪氨酸	UGU	（Cys/C）半胱氨酸	U
	UUC	（Phe/F）苯丙氨酸	UCC		UAC	（Tyr/Y）酪氨酸	UGC	（Cys/C）半胱氨酸	C
	UUA	（Leu/L）亮氨酸	UCA		UAA^[B]	终止（赭石）	UGA^[B]	终止（蛋白石）	A
	UUG		UCG		UAG^[B]	终止（琥珀）	UGG	（Trp/W）色氨酸	G
C	CUU		CCU	（Pro/P）脯氨酸	CAU	（His/H）组氨酸	CGU	（Arg/R）精氨酸	U
	CUC		CCC		CAC	（His/H）组氨酸	CGC		C
	CUA		CCA		CAA	（Gln/Q）谷氨酰胺	CGA		A
	CUG		CCG		CAG	（Gln/Q）谷氨酰胺	CGG		G
A	AUU	（Ile/I）异亮氨酸	ACU	（Thr/T）苏氨酸	AAU	（Asn/N）天冬酰胺	AGU	（Ser/S）丝氨酸	U
	AUC		ACC		AAC	（Asn/N）天冬酰胺	AGC	（Ser/S）丝氨酸	C
	AUA		ACA		AAA	（Lys/K）赖氨酸	AGA	（Arg/R）精氨酸	A
	AUG^[A]	（Met/M）甲硫氨酸	ACG		AAG	（Lys/K）赖氨酸	AGG	（Arg/R）精氨酸	G
G	GUU	（Val/V）缬氨酸	GCU	（Ala/A）丙氨酸	GAU	（Asp/D）天冬氨酸	GGU	（Gly/G）甘氨酸	U
	GUC		GCC		GAC	（Asp/D）天冬氨酸	GGC		C
	GUA		GCA		GAA	（Glu/E）谷氨酸	GGA		A
	GUG		GCG		GAG	（Glu/E）谷氨酸	GGG		G

^A 密码子AUG同时编码甲硫氨酸并作为起始点：在信使RNA的编码区里，首个ATG的出现标志着蛋白质翻译的开始。^[2]

^B ^{^} ^{^} ^{^} 标示终止密码子为琥珀、赭石和蛋白石的历史原因可在悉尼·布伦纳（Sydney Brenner）的自传^[3]和鲍勃·埃德加（Bob Edgar）的一篇历史性文章中找到。^[4]

反向密码子表（使用IUPAC符号（英语：nucleic acid notation）缩写）
氨基酸	密码子	缩写	氨基酸	密码子	缩写
Ala/A	GCU、GCC、GCA、GCG	GCN	Leu/L	UUA、UUG、CUU、CUC、CUA、CUG	YUR、CUN
Arg/R	CGU、CGC、CGA、CGG、AGA、AGG	CGN、MGR	Lys/K	AAA、AAG	AAR
Asn/N	AAU、AAC	AAY	Met/M	AUG
Asp/D	GAU、GAC	GAY	Phe/F	UUU、UUC	UUY
Cys/C	UGU、UGC	UGY	Pro/P	CCU、CCC、CCA、CCG	CCN
Gln/Q	CAA、CAG	CAR	Ser/S	UCU、UCC、UCA、UCG、AGU、AGC	UCN、AGY
Glu/E	GAA、GAG	GAR	Thr/T	ACU、ACC、ACA、ACG	ACN
Gly/G	GGU、GGC、GGA、GGG	GGN	Trp/W	UGG
His/H	CAU、CAC	CAY	Tyr/Y	UAU、UAC	UAY
Ile/I	AUU、AUC、AUA	AUH	Val/V	GUU、GUC、GUA、GUG	GUN
起始	AUG		终止	UAA、UGA、UAG	UAR、URA

DNA密码子表

DNA密码子表与RNA密码子表基本相同，除了使用T来替代U。

技術細節

起始和終止密碼子

蛋白質的轉譯從初始化密碼子（起始密碼子）開始，但亦需要適當的初始化序列和起始因子才能使mRNA和核糖體結合。最常見的起始密碼子為AUG，其同時編碼的氨基酸在細菌為甲醯甲硫氨酸，在真核生物為甲硫氨酸，但在個別情況其它一些密碼子也具有起始的功能。

在經典遺傳學中，終止密碼子各有名稱：UAG為琥珀（amber），UGA為蛋白石（opal），UAA為赭石（ochre）。這些名稱來源於最初發現到這些終止密碼子的基因的名稱。終止密碼子使核醣體和釋放因子結合，使多肽從核醣體分離而結束轉譯的程式。另外，在哺乳動物的線粒體中，AGA和AGG也充當終止密碼子。

密碼子簡併性

大部分密碼子具有簡併性，即兩個或者多個密碼子編碼同一氨基酸。簡併的密碼子通常只有第三位元碱基不同，例如，GAA和GAG都編碼穀氨醯胺。如果不管密碼子的第三位元為哪種核苷酸，都編碼同一種氨基酸，則稱之為四重簡併密碼子(fourfold degenerate codons)；如果第三位有四種可能的核苷酸之中的兩種，而且編碼同一種氨基酸，則稱之為二重簡併密碼子(twofold degenerate codons)，一般第三位上兩種等價的核苷酸同為嘌呤（A/G）或者嘧啶（C/T）。只有兩種氨基酸僅由一個密碼子編碼，一個是甲硫氨酸，由AUG編碼，同時也是起始密碼子；另一個是色氨酸，由UGG編碼。

遺傳密碼的這些性質可使基因更加耐受點突變。例如，四重簡併密碼子可以容忍密碼子第三位元的任何變異；二重簡併密碼子使三分之一可能的第三位的變異不影響蛋白質序列。由於轉換變異（嘌呤變為嘌呤或者嘧啶變為嘧啶）比顛換變異（嘌呤變為嘧啶或者嘧啶變為嘌呤）的可能性更大，因此二重簡併密碼子也具有很強的對抗突變的能力。不影響氨基酸序列的突變稱為沉默突變 (英语)。

簡併性的出現是由於tRNA反密碼子的第一位碱基可以和mRNA構成擺動碱基對，常見的情況為反密碼子上的次黃嘌呤（I），以及和密碼子形成非標準的U-G配對。

另一種有助對抗點突變的情況，是NUN（N代表任何核苷酸）傾向於代表疏水性氨基酸，故此即使出現突變，仍有較大機會維持蛋白質的親水度，減低致命破壞的可能。

閱讀框

“密碼子”是由閱讀的起始位點決定的。例如，一段序列GGGAAACCC，如果由第一個位置開始讀，包括3個密碼子GGG，AAA和CCC。如果從第二位開始讀，包括GGA和AAC（忽略不完整的密碼子）。如果從第三位開始讀，則為GAA和ACC。故此每段序列都可以分為三個閱讀框，每個都能產生不同的氨基酸序列（在上例中，相應為Gly-Lys-Pro，Gly-Asp，和Glu-Thr）。而因為DNA的雙螺旋結構，每段DNA實際上有六個閱讀框。
實際的框架是由起始密碼子（英语：Start codon）確定，通常是mRNA序列上第一個出現的AUG。

破壞閱讀框架的變異（例如，插入或刪除1個或2個核苷酸）稱為閱讀框變異，通常會嚴重影響到蛋白質的功能，故此並不常見，因為他們通常不能在演化中存活下來。

非標準的遺傳密碼

雖然遺傳密碼在不同生命之間有很強的一致性，但亦存在非標準的遺傳密碼。在有「細胞能量工廠」之稱的線粒體中，便有和標準遺傳密碼數個相異的之處，甚至不同生物的線粒體有不同的遺傳密碼。支原體會把UGA轉譯為色氨酸。纖毛蟲則把UAG（有時候還有UAA）轉譯為穀氨醯胺（一些綠藻也有同樣現象），或把UGA轉譯為半胱氨酸。一些酵母會把GUG轉譯為絲氨酸。在一些罕見情況，一些蛋白質會有AUG以外的起始密碼子。

真菌、原生生物和人以及其它動物的粒線體中的遺傳密碼與標準遺傳密碼的差異，主要變化如下：

密碼子	通常的作用	例外的作用	所屬的生物
UGA	中止編碼	色氨酸編碼	人、牛、酵母線粒體，支原體（Mycoplasma）基因組，如Capricolum
UGA	中止編碼	半胱氨酸編碼	一些纖毛蟲（ciliate）細胞核基因組，如遊纖蟲屬（Euplotes）
UGA	中止編碼	硒半胱氨酸編碼	人，大鼠，小鼠等哺乳体系
AGR	精氨酸編碼	中止編碼	大部分動物線粒體，脊椎動物線粒體
AGA	精氨酸編碼	絲氨酸編碼	果蠅線粒體
AUA	異亮氨酸編碼	蛋氨酸編碼	一些動物和酵母線粒體
UAA	中止編碼	穀氨醯胺編碼	草履蟲、一些纖毛蟲（ciliate）細胞核基因組，如嗜熱四膜蟲（ThermophAilus tetrahymena）
UAG	中止編碼	谷氨酸編碼	草履蟲核細胞核基因組
UAG	中止編碼	吡咯赖氨酸編碼	甲烷八叠球菌（Methanosarcina barkeri）核基因組，表达转甲基酶（methyltransferase）
GUG	纈氨酸編碼	絲氨酸編碼	假絲酵母核基因組
AAA	賴氨酸編碼	天冬氨酸編碼	一些動物的線粒體，果蠅線粒體
CUG	亮氨酸編碼	中止編碼	圓柱念珠菌（Candida cylindracea）細胞核基因組
CUN	亮氨酸編碼	蘇氨酸編碼	酵母線粒體

按信使RNA的序列，在一些蛋白質裏停止密碼子會被翻譯成非標準的氨基酸，例如UGA轉譯為硒半胱氨酸和UAG轉譯為吡咯賴氨酸，隨著對基因組序列加深瞭解，科學家可能還會發現其它非標準的轉譯方式，以及其它未知氨基酸在生物中的應用。

遺傳密碼的起源

除了少數的不同之外，地球上已知生物的遺傳密碼均非常接近；這顯示遺傳密碼應在生命演化的歷史中很早期就出現，並且證明了所有生物都源自共同祖先。

現有的證據表明遺傳密碼的設定並非是隨機的結果，對此有以下的可能解釋¹:

最近一項研究顯示，一些氨基酸與它們相對應的密碼子有選擇性的化學結合力²，這顯示現在複雜的蛋白質製造過程可能並非一早存在，最初的蛋白質可能是直接在核酸上形成。

原始的遺傳密碼可能比今天簡單得多，隨著生命演化製造出新的氨基酸再被利用而令遺傳密碼變得複雜。雖然不少證據證明這觀點³，但詳細的演化過程仍在探索之中⁴,⁵。

經過自然選擇，現時的遺傳密碼減低了突變造成的不良影響。

搖擺特性(wobble)

一組密碼子可對應多個反密碼子
因為第三對鹼基對有時不遵守配對原則，稱為搖擺鹼基對。

參考資料

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^ 注解1： Knight, R.D.; Freeland S. J. and Landweber, L.F. (1999) The 3 Faces of the Genetic Code. Trends in the Biochemical Sciences 24(6), 241-247.

^ 注解2： Knight, R.D. and Landweber, L.F. (1998). Rhyme or reason: RNA-arginine interactions and the genetic code. Chemistry & Biology 5(9), R215-R220. PDF version of manuscript

^ 注解3： Brooks, Dawn J.; Fresco, Jacques R.; Lesk, Arthur M.; and Singh, Mona. (2002). Evolution of Amino Acid Frequencies in Proteins Over Deep Time: Inferred Order of Introduction of Amino Acids into the Genetic Code. Molecular Biology and Evolution 19, 1645-1655.

^ 注解4： Amirnovin R. (1997) An analysis of the metabolic theory of the origin of the genetic code. Journal of Molecular Evolution 44(5), 473-6.

^ 注解5： Ronneberg T.A.; Landweber L.F. and Freeland S.J. (2000) Testing a biosynthetic theory of the genetic code: Fact or artifact? Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 97(25), 13690-13695.

^ 注解6： Freeland S.J.; Wu T. and Keulmann N. (2003) The Case for an Error Minimizing Genetic Code. Orig Life Evol Biosph. 33(4-5), 457-77.

其它參考資料

網路上有很多有關本題目的資料，由美國國家衛生院提供NCBI Bookshelf^{[失效連結]}。

Griffiths, Anthony J.F.; Miller, Jeffrey H.; Suzuki, David T.; Lewontin, Richard C.; Gelbart, William M. (1999). Introduction to Genetic Analysis (7th ed.). New York: W. H. Freeman & Co. ISBN 0-7167-3771-X

Alberts, Bruce; Johnson, Alexander; Lewis, Julian; Raff, Martin; Roberts, Keith; Walter, Peter. (2002). Molecular Biology of the Cell (4th ed.). New York: Garland Publishing. ISBN 0-8153-3218-1

Lodish, Harvey; Berk, Arnold; Zipursky, S. Lawrence; Matsudaira, Paul; Baltimore, David; Darnell, James E. (1999). Molecular Cell Biology (4th ed.). New York: W. H. Freeman & Co. ISBN 0-7167-3706-X

有關遺傳密碼演化的wiki

NCBI網頁，有關遺傳密碼的詳細的說明

参考文献

^ Shu, Jian-Jun. A new integrated symmetrical table for genetic codes. BioSystems. 2017, 151: 21–26. doi:10.1016/j.biosystems.2016.11.004.

^ Nakamoto T. Evolution and the universality of the mechanism of initiation of protein synthesis. Gene. March 2009, 432 (1–2): 1–6. PMID 19056476. doi:10.1016/j.gene.2008.11.001.

^ Brenner S. A Life in Science (2001) Published by Biomed Central Limited ISBN 0-9540278-0-9 see pages 101-104

^ The genome of bacteriophage T4: an archeological dig. Genetics. 2004, 168 (2): 575–82. PMC 1448817. PMID 15514035.

外部連結

線上DNA氨基酸翻譯器

線上DNA蛋白質序列翻譯器^{[失效連結]}

線上DNA蛋白質序列翻譯器

[1] Shu, Jian-Jun. A new integrated symmetrical table for genetic codes. BioSystems. 2017, 151: 21–26. doi:10.1016/j.biosystems.2016.11.004.

[pmid19056476-2] Nakamoto T. Evolution and the universality of the mechanism of initiation of protein synthesis. Gene. March 2009, 432 (1–2): 1–6. PMID 19056476. doi:10.1016/j.gene.2008.11.001.

[3] Brenner S. A Life in Science (2001) Published by Biomed Central Limited ISBN 0-9540278-0-9 see pages 101-104

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