方舟子
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| 方是民 | |
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| 性别 | 男 |
| 出生 | (1967-09-28) 1967年9月28日[1]  中国福建省龙溪专区云霄县（今漳州市雲霄縣） |
| 居住地 |  美國加利福尼亚州 |
| 国籍 | 中华人民共和国 |
| 别名 | 方舟子 |
| 教育程度 |
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| 职业 | 科普作家，自由撰稿人 |
| 配偶 | 刘菊花 |
| 奖项 |
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经历
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代表作
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方是民（1967年9月28日－），笔名方舟子，生于中国福建省龙溪专区云霄县（今漳州市雲霄縣），密西根州立大學生物化学博士，科普作家、网络名人。
方舟子是《新语丝》月刊和同名网站的创办人之一。他長期在互联网上从事对学术造假和学术腐败的揭露，批判宗教、伪科学、伪气功、伪环保，批评中医等，曾為多家平面媒體從事專欄撰稿，目前擔任互動百科首席科學顧問一职[3] 。
方舟子的言论涉及社会、生活、学界各个领域，往往会引起社会各界广泛关注，造成争论。由于其在打假过程中范围广泛、批评言辞激烈，批评者指责其在打假有误时常常不愿道歉，以及对人对己实行双重标准[4][5][6][7]。
2014年10月21日晚上，方舟子在社交网站上的帳號幾乎都被刪除。据民间與他本人猜测[8]，这次被大规模删号很可能是因为他对网络写手周小平在《党建网》发表的文章《梦碎美利坚》進行了反駁[9]，而周小平曾于此前不久参加了中共中央总书记习近平主持召开的文艺工作座谈会。
2018年7月，原中央网信办、国家网信办主任鲁炜被调查后，方舟子的新浪微博账号被恢复。
目录
1 生平
2 主要活动
2.1 学术、身份打假及批评
2.1.1 打假
2.1.2 批评对象
2.2 食品与医疗
2.3 环保问题
2.4 宗教批判
2.4.1 对基督教的批判
2.4.2 对法轮功的批判
2.5 為孫維辯護
2.6 「打假资金」
2.7 为何祚庥授奖
3 遭袭事件
4 争议
4.1 被指“语言暴力”
4.2 被指“不愿认错”
4.3 被指“多重标准”
4.4 被指“话语霸权”
4.5 被质疑“抄袭”和“造假”
4.6 被质疑“诈捐”
5 荣誉
6 著作
6.1 学术论文
6.2 专利
6.3 著作
7 参考文献
8 外部链接
9 参见
生平
1967年9月，方舟子生于福建省漳州市云霄县[10]。父亲在法院工作，文革时遭到冲击，被迫回乡避难。父亲走后第二天造反派围攻大院，方舟子母亲在隔壁的张姓公安局长的大力帮助下，生出了方舟子[11]。
方舟子小学一年级时，就能模仿廣播中的詞写出批林批孔的文章，而其初中時的作文已經常被當作為範文使用[12]。除了文學，方舟子對制作生物標本有強烈的興趣，有志在大學學習生物學[12]。在一次接受采访时，他表示自己的笔名是在高中時起的，「方舟」在古文里的意思是两条船并在一起行驶，「方舟子」的意思就是脚踏两条船（科学与文学）的人[13]。
1985年，方考入中国科技大学生物系，并於1990年获得细胞生物学士学位。同年，方前往美国，就读于密歇根州立大学，1995年获得生物化学博士学位。之后，他陆续在罗切斯特大学生物系、索尔克生物研究所进行博士后研究，方向为分子遗传学[10]。
1994年，方舟子与张峥等一些海外华人创办中文网络文化性综合刊物《新语丝》月刊。起初该刊物通过在「ACT」上贴而发行。之后于1996年建立了「新语丝之友」通讯网、「新语丝」网站等。1997年，一次内部业务讨论不一致，编辑部投票的结果方舟子处于少数一方。方舟子怀疑一家商业机构欲借此事吞并新语丝，因此在投票结束两天后，在其他编辑不知情的情况下，自行向纽约州政府注册登记新语丝，建社理事为他与另外两人。原来的新语丝编辑团队愤然退出，另外成立了一个互联网刊物[14]。之后，方舟子开始投入精力运作新语丝社及新语丝网站，发展具有个人特色的网络媒体。
1995年，方舟子参与开发文字MUD《侠客行》[15]。
2000年，以新语丝为基地，方舟子开始在互联网上进行学术打假。他创立「立此存照」栏目，专门揭露科学界、教育界的学术腐败现象和新闻界各种不实报道。他在引起人们极大关注的同时也引起极大的争议，并招致多起官司。美国《科学》杂志在2001年8月10日曾对此进行过报道[16]。从2005年起，方舟子又在新语丝上设立「中国不良记者名单」[17]，指控某些记者不实报道，从此与部分大陆媒体人交恶。方舟子的反学术腐败活动受到《人民日报》、中央电视台及中國青年報等中国大陆主流媒体的支持，在这些媒体上时常可以看到关于方舟子的正面报道[來源請求]。但新语丝网站被中国大陆屏蔽，媒体报道时通常也不提新语丝[來源請求]。
除了打假，方还从事文学与科普创作，在报纸杂志上发表过大量的文章，还出版过多本著作。方曾定居于美国加利福尼亚州[10]，持有美国绿卡与中国大陆的护照，但没有身份证，自称出国时身份证和户口都按规定被注销[18][19]。后回中国北京居住，与新华社记者刘菊花结婚，育有一女，目前为自由职业者。
主要活动
由于方舟子以自己创办的新语丝为基地、利用互联网来进行打假，他被媒体称为“科学斗士”或“打假斗士”。
学术、身份打假及批评
方舟子打假、批评的对象往往直指中国国家研究部门和高校的著名教授和研究员、行政领导，以及社会各界知名人士等。
打假
受到方舟子质疑造假的公众人物包括：
- 企业界人士唐骏[20]、地产业人士禹晋永[21]、美国企业家傅苹
- 医生肖传国[22]：方舟子认为肖傳國在簡歷中存在多處造假和誇大現象，例如將“臨床副教授”稱為“副教授”、將學術會議的文章摘要當成是學術論文、虛稱獲得“國際神經泌外最高獎”等[23]。
- 媒体人吳征[24]：方舟子认为吴征就读的巴林顿大学是“克莱登大学”[25]。
- IT人李开复[26]：方舟子批評李開復在簡歷中拔高自己，將自己稱為是「卡內基·梅隆大學最年輕的副教授」，實際上其只是獲得助理教授的聘任意向，真實的工作職位是「研究計算機科學家」[27][28]、誇大自己在微軟中的重要性、未曾有一天在喬布斯身邊工作，卻自稱是喬布斯的學生、虛稱和奧巴馬是同學等[29]。
- 作家韩寒：方舟子认为韩寒的作品是别人代写的，并且韩寒在身高上造假，使用了增高鞋和假发。（参见韩寒被质疑造假事件）
- 作家蔣方舟：方舟子稱蔣方舟九歲時出版的散文集中存在母親為其代筆的問題，并在一些文章中出现了对俄罗斯某作家的散文的灵感抄袭，称其“没有文学洁癖”[30]。
- 节目主持人乐嘉：方舟子称乐嘉的“性格色彩学”剽窃了美国人Talor Hartman的“性格密码”学说，而且乐嘉的母校阿姆斯壮大学是野鸡学校[31]。
- “中国雨人”周玮：方舟子认为擅长速算的智障青年周玮是骗子[32][33]，其速算答案是背的[34][35]。2014年1月，周玮经过上海交通大学、华东师范大学专家的测试，证实其心算能力的确远超常人，且并非死记硬背[36]。
- 学者于建嵘：2005年10月8日，新语丝网站当日的“新到资料”头条发表了一篇署名“严晋”的文章，对于建嵘提出五点质疑[37]。次日，新语丝刊登了于建嵘的答复文章，回應了五点质疑。该文被放在“新到资料”的第七条，加上了方舟子的按语[38][39]。之后新语丝在10日和11日又发表了两篇质疑和批评于建嵘的文章，其中一篇加上了方舟子的按语[40][41]。10月14日，方舟子在新语丝网站上公布了自己收到署名為于建嵘的信（《写给杂种方舟子的信》）并撰文回击[42]。10月16日，方舟子再登出署名為于建嶸的信（《再致杂种方舟子的信》）[43]。18日，方舟子登出于建嶸的道歉信，但方舟子認為于的解釋並不能自圓其說，認為于是“一位敢做不敢当的懦夫”[44]。
復旦大學校長楊玉良[45]：方舟子稱楊玉良虛稱自己獲得聯邦德國莱布尼茨奖，而實際上獲獎的是Hans Wolfgang Spiess，楊玉良只是Spiess教授研究組中的博士後。楊玉良以虛報此獎獲得了「第一桶金」，從此「平步青雲」[46]。- 清华大学施一公：方舟子在2008年向国家自然科学基金委员会举报说，施一公在申请2008年度国家杰出青年科学基金（外籍）时涉嫌造假[47]。施一公所获得的“极高荣誉”非常廉价[48]。并且施一公在《自然》发表的论文有充数之嫌[49]。
- 原清华大学医学院教授刘辉：方舟子认为刘辉利用其姓名缩写“Liu H”同一位名为“刘宏（Liu H）”两者姓名缩写一致的巧合，将刘宏的论文记入自己名下，通过诈骗的手段获得清华大学医学院院长助理的职位。（参见清华刘辉履历事件）
- “基因皇后”陈晓宁：方舟子称陈晓宁只是一家私营机构的技术人员，虽然兼任加州大学（UCLA）医学院的“附属副教授（Adjunct Associate Professor）”，但这些都是挂名的职务，既不是“博士”，也不是“加州大学教授”[50]。
南京大学朱涵：2004年3月初，媒体报道称，南京大学物理系本科生朱涵发表了10篇学术论文，其中有8篇论文是发表在SCI上。方舟子认为：朱涵的论文通讯作者是其父北京师范大学物理系教授朱建阳，因此朱涵是“沾老爹的光，老爹发表论文时把儿子的名字顺便也写上”。“中国科技界子承父业的多得是，但是像朱氏父子这样从儿子还是个本科生时就肆无忌惮地加以提携的，还是闻所未闻的[51][52]。”
中國政法大學教授楊玉聖[53]：方舟子稱楊玉聖是“频频造假的‘中国学术打假第一人’ ”，稱其更改作者名稱和標題的情況下將新雨絲中的文章登在自己的網站上，且自稱“首發”，屬於“盜用他人名義、侵犯他人著作權、剽竊他人文章”[54]。方舟子亦質疑以楊玉聖的學術成果沒資格當「美國政治與法律研究中心主任」[55][56]。- 深圳大学传播系副教授孙海峰：方舟子称孙海峰论文抄袭。
四川大学教授丘小庆[57]、东南大学校长及中国工程院院士顾冠群、南京大学新闻传播学院教授潘知常、清华大学科技史教授刘兵
- 中国科学院院士魏于全、杨焕明、郭光灿、加拿大国家航天局科学家刘维宁
- 南京大学院士候选人陈坤基：2007年6月16日新语丝刊出了若智的《南京大学：这难道还不算一稿多投？》一文，称南京大学固体微结构物理国家重点实验室K. J. Chen （陈坤基）等发表于国际著名学术期刊 Physical Review Letters 和 Advanced Materials 上的两篇论文为典型蓄意一稿两投。
青岛市委书记李群：李群其出版的《我在美国当市长助理》称自己曾担任美国纽黑文市市长助理，方舟子指李群对他在美国的经历夸大其词，称纽黑文市没有相关记录，纽黑文市长对李群亦无印象[58]。- “美国总统奖”获得者叶菲：方舟子指出叶菲在出版的书中夸大其求学经历，称其获得的“美国总统奖”并非由美国总统亲自颁发的每个州只有一个名额的奖励，而是每年颁发给几十万学生的“总统教育奖”，其含金量仅相当于中国的“三好学生”[59]。
中国科技大学校长侯建国：方舟子在新语丝开辟了“侯建国事件”的专栏，指责侯建国利用校长职权将其子侯致远以“自主招生”的方式招入中科大[60]。- 民办教育家丁祖诒：丁祖诒自称被“美国50州高等教育联盟”评为“中国最受尊敬大学校长”，方舟子指出这个“奖项”实际上是在洛杉矶时报上刊登的一则付费广告。随后丁祖诒起诉方舟子，2007年4月，西安市中级人民法院宣布丁祖诒胜诉，此判决引起争议[61]。
- 解放军总后勤部军需装备研究所周国泰院士[62]
中国科学院院士潘建伟：方舟子指潘建伟夸大其在国外的学术成就[63]。- 军事医学科学院研究员裴雪涛[64]：方舟子称其“发无厘头的感慨”，呼吁国家停止资助其研究项目[65]。并且认为其在国际期刊上仅仅发表了6篇论文，“在国内也是拿不出手的”[66]。
河北科技大学副教授韩春雨：2016年，方舟子多次撰文指出韩春雨的基因编辑技术“NgAgo”的论文涉嫌造假[67]，并于2016年9月9日向国家自然科学基金委员会正式举报韩春雨，要求对韩春雨进行深入调查[68]。
批评对象
被方舟子批评的人物包括：
- 法律学者贺卫方：方舟子稱賀衛方“一稿多投”[69]，认为贺卫方是“法学界的水货”[70]、“尸位素餐”[71]、“二十年來基本不發表論文”[72]。
- 作家，异见人士余杰[73]：方舟子称：“余杰因为多次剽窃别人作品，早就被我们揭露过...至于‘奴在心者’、‘奴才’，也是余杰本人的写照，他不是已经匍匐在原教旨基督教的传教士的脚下，当起上帝的奴才了吗[74]？”
- 学者刘瑜：方舟子称其“学术水平低下”，“而且还伪造论文发表记录”[75]。
- 呼吸道疾病专家钟南山：方舟子称其与药厂合作卖假药[76]，并指责钟南山夸大雾霾和家居装修的危害性[77]。
- 科学家钱学森：2009年11月4日，钱逝世4天后，方舟子发表了《〈人民科学家钱学森〉若干可商榷之处》[78]一文，批评钱在大跃进期间为粮食亩产万斤提供“科学”证明， 及为研究“人体特异功能”运动发挥领导和指导作用。
- 杂交水稻之父袁隆平：因袁隆平对转基因大米的安全性有疑虑，方舟子对其提出批评[79]，称“袁隆平本人也在搞转基因大米但还没做出来”，并质疑袁的科学素养[80]。
北京大学法学院院长朱苏力招生[81]：2004年7月9日，新语丝刊登河海大学讲师甘德怀的来信《我的北大考博经历》。7月12日，朱苏力致信新语丝《关于甘怀德同学面试情况的说明》。7月17日，方舟子发表《北大法学院的诚信危机》[82]，质疑朱苏力偏袒熟人、践踏程序，有损学术尊严。
萨福克大学历史系教授薛涌：方舟子批評薛涌以「兄弟在耶魯的時候」作為頭銜混日子，但寫出來的文章卻對不起「耶魯」這塊牌子[83]。- 美国学术期刊打假专家杰佛里·比尔（Jeffrey Beall）教授：方舟子曾引用比尔教授的意见证明林树坤的MDPI出版社“没有问题”，称比尔为该方面的“专家”[84]。当比尔将MDPI列入“有问题的出版社”名单后，方舟子指责比尔教授为洋“方黑”，缺乏“专业知识、专业精神、判断力、责任心和正直品格”[85][86]。
- 调查记者柴静[87][64]：方舟子批評柴靜既然作為“調查型記者”，就要“对事实的真相要有洁癖，不要轻信、传播当事人的自吹自擂、神吹胡侃和道听途说”[66]。罗永浩因此事与方舟子交恶，方舟子讥其为“罗三桂”[88]。
- 记者、歌手吴虹飞[89]：方舟子称其为“流氓”[90]。
- 记者石扉客：2011年12月，方舟子在微博上披露石扉客在“整重庆公安局局长王立军的黑材料”[91]，时王立军任副市长。在随后的几天里，石的个人信息、家庭住址被泄露在网上，并收到几十个骚扰电话[92]。
- 作家、学者王怡[93]、李敖、网络作家和菜头
- 作家木子美（在新浪微博名为“不加V”）：方舟子称其为“三脏女”。
- 评论家曹长青：方舟子称曹长青为“网坛剽客”、“臭名昭著”，属于典型的“妓者”[94]。
- 作家李承鹏：方舟子指责平时大喊打倒房地产商的李承鹏，其实私下与房地产商过从甚密，并表示李承鹏为房地产商“写软文”，涉嫌虚假宣传[95]。同时方舟子承认攻击李承鹏是因为后者帮孙海峰说话[96]。
- 歌手王菲、海派清口表演家周立波、艺人林志颖
- 教育家信力建：方舟子称信力建为“汉奸”、“广州公知的金主”[97]。
- 企业家罗永浩：方舟子稱羅永浩是流氓，是其見過最惡心的人[98]。方舟子亦稱羅永浩「非法辦學，沒有辦學資質，還涉嫌偷稅漏稅，做虛假廣告」[99]。从2011年底开始，方与罗在新浪微博上进行了旷日持久的争执。
奇虎360董事长周鸿祎
- 央视主持人崔永元、央视调查记者王志安
- 央视主持人白岩松：方舟子讥其为“白拓宽”。
中科院院士朱清时：方舟子在新语丝开辟了“朱清时迷信事件”的专栏[100]，抨击朱清时笃信并宣传佛教，称朱清时“打着科学的旗号宣扬迷信”[101]，还表示“中国科大有一位公然宣扬迷信、怀疑现代科学的人当校长，怎能不堕落[102]！”- 網絡作家周小平：方舟子稱從未聽說過周小平這「網絡作家代表」，引用清華大學教授肖鷹的說話稱其為「流氓文化代表」。方舟子說，周小平所寫的《夢碎美利堅》一文屬於胡思亂想捏造，是在「夢游美利堅」。
- 中南大学校长、中国工程院院士张尧学：张尧学学术造假被揭发后，方舟子批判张尧学称他在他的“透明计算”获奖之前已脱离科研一线十几年，其成果可谓“神人神迹”，他的报奖材料中引用的论文反而证明他提出的透明计算在国际上毫无影响，而非材料中声称的“被国内外采用，引发和推动了国内外新型网络计算模式的理论和实践。”称他获奖“肯定是利用权力和官场人脉运作的结果”，“是典型的学术腐败大案”，“算得上中国科学最大的丑闻之一”[103]。
唐纳德·特朗普：方舟子在自己的推特上猛烈抨击美国总统唐纳德·特朗普，指责其种族歧视、排外、歧视女性[104]，是“反科学的小丑”[105]，并称特朗普就任后将会是“史上最差的总统”[106]。
被方舟子质疑或批评的机构包括：
中文维基百科：方舟子称：“幸而我平时只用维基百科的英文版，并无使用其中文版的必要和打算。维基百科的声誉是靠其英文版打出来的。两种版本的撰写者、编者的素质差异摆在那里。英文版的内容都显得相当专业，而中文版的内容仅从‘方舟子’这个条目就可以看出其草率和偏颇了[107]。”
多维新闻网：方舟子称“多维网在中文网络臭名昭著，被称为‘多伪网’，以造谣、剽窃闻名[108]。”
南方周末：方舟子认为其在报道自己与于建嵘的争执时不公，已“堕落了”[109]。2012年6月南方周末頭版和四個版面發表對方舟子的報導[110]，方舟子稱其是“構陷”，認為南方周末已“淪落為泄私憤的構陷私器，連最基本的新聞道德和做人道德都不顧[111]。”2013年初南周事件时，方舟子抨击南周为“撒娇”[112]、“戏子作秀”[113]，并称党管制南方周末“合理合法”[114]。
科学松鼠会：方舟子称之为“老鼠会”[115]。
果壳网：方舟子多次批判果壳网[116]，称“果壳网的主要业务是为企业做广告，称之为打着科普旗号的公关、广告公司更合适”[117]，并声称要把果壳网“端了”[118][119]。
新浪微博：方舟子批評新浪微博對大量用戶造謠、辱罵他及其家人等現象不作為，決定離開新浪微博，转去搜狐微博[120]。
搜狐微博：由于搜狐微博邀请李剑芒做访谈，方舟子指责其为李诽谤他和他妻子提供“更大平台”[121]，并称：“这个世界上最下贱的网站，是纵容乃至鼓励造谣、辱骂别人妻子和小孩的网站，没有之一[122]。”
人民网、人民日报（含海外版）、环球时报、新华网、光明网等多家中国大陆官方媒体：由于这些媒体在方舟子评周小平文章遭封杀后发表评论员文章为周小平辩护，方舟子称这些媒体发表的这些文章“都是统一部署的结果”，并戏称为“黑色幽默”、“最高级别的黑”，称他们“把一个不学无术的‘网络作家’吹捧成‘网络世界的敲钟人’、‘这一代’的代表，把他那些东抄西凑、信口开河、错误百出的博客吹捧成‘网络正能量’、‘爱国正能量’[123]。”
食品与医疗
- 方舟子批判中医、中药等的大量文章也产生了比较大的社会影响[124]。方舟子在新语丝上设立“中医骗子”专辑[125]，认为中医和中药没有经过现代科学的检验，中医基于阴阳五行的理论没有实际依据，而中药的疗效也没有被严格的双盲法证明，认为应该「废医验药」[126]。另有专著《批评中医》。
- 方舟子批判虚假保健品。包括以褪黑激素为主要成分的「脑白金」以及核酸营养品「珍奥核酸」都被揭露为虚假宣传。2007年到2009年期间，方舟子揭露蒙牛乳业产品「特仑苏」牛奶声称添加的名为「OMP（造骨牛奶蛋白）」的物质就是IGF-1（胰岛素样生长因子-1）[127]，正常情况下口服无作用，而如果血液中IGF-1浓度过高则有增加患癌症的风险。在这个事件中，声援方舟子的广东奶业协会在其主办的南方奶业网[128]上刊登了有关信息。
- 方舟子在转基因食品方面持支持态度，他表示：「众多国外权威机构，包括世界卫生组织、联合国粮农组织、欧盟委员会、美国科学院、美国食品药品管理局、英国皇家医学会都指出，转基因食品的安全风险并不比其他食品更高，反而可能更低[129]。」
- 方舟子对于瘦肉精持解禁态度。2011年4月1日，他在新华每日电讯上發表署名文章，批評媒體過度「妖魔化」瘦肉精（莱克多巴胺）的現象。在文中，他表示由于养猪业有提高猪肉瘦肉率的需求，杜绝「瘦肉精」的使用非常困难。如果一概禁用，那么养猪户在选择时就宁愿选用价格最低廉、但是毒性也最强的盐酸克伦特罗，而如果政府允许使用安全且副作用很低的莱克多巴胺，那么很多农户就不会冒违法的风险了。目前有二十多个国家允许使用莱克多巴胺，但中国却禁用[130]。
- 2015年1月，歌手姚贝娜因乳腺癌去世。方舟子提出“姚贝娜是给中医害了”，他指出：姚贝娜早期病情发作时因为吃中药“调理”后病情反而加重，接受规范治疗，症状得以改善，虽然乳腺癌治愈率可达到90%以上，而且她的病情属于预后良好的类型（雌激素受体阳性），可以通过内分泌治疗降低体内雌激素含量减轻病情以致治愈，但是有可能会发生绝经期症状，姚贝娜遂拒绝接受这一治疗并再次服用中药，由于中药的药方中有些药物（如当归）具有雌激素活性，会加重病情，致使两年后疾病复发、扩散而逝世[131]。
环保问题
- 方舟子对于绿色和平组织持批评态度，他认为绿色和平在反对转基因的活动上“理由站不住脚”，“一个真正的环保组织不应该反对转基因技术的推广”。同时他认为绿色和平走入了歧途，已堕落成了一个反科学组织[132]。
- 2005年，方舟子与何祚庥受国家水电水利规划设计总院资助，对怒江进行了为期一周的考察。在结论中他们认为，“怒江一带的生态和环境实际上已被毁灭”，是否建坝已不是问题的关键。方舟子在新语丝上记载了相关事件[133]，收集并撰写大量关于中国怒江水电开发的文章[134]，揭露中国的所谓「环保」人士其实是「伪环保」[135]，质疑中国的环保人士「更多的是出于政治方面的考虑而不是环境」。
宗教批判
方舟子对宗教持批判态度。在新语丝，方舟子作为无神论者多次批評基督教[136]。他揭露重庆道士李一与唯一教、奥修静修会的邪教性质，及质疑李一动辄半年的辟谷、长达两小时的胎息等非常传奇的个人经历[137][138]。2011年2月5日，方舟子与歌手王菲在网络上展开了一场对「一尊佛像」的见解，方舟子认为公众人物的宗教信仰宣传会误导大众[139]。但方舟子也主张宗教信徒应享有信仰自由的权利[140]。
对基督教的批判
方舟子对基督教的批判尤为深入、持久，在新语丝网站上专门设立了“批判基督教专辑”[141]。90年代中期，方舟子写了《错误百出的圣经》，列举了《圣经》中近百处自相矛盾的错误[142]，此文随后引起基督徒专门成立网站予以驳斥[143][144]。此后，方舟子“一发而不可收，从历史的角度否认耶稣的真实性，从教义的角度批判基督教的野蛮、邪恶[145]。”
方舟子认为《圣经》是一本“血淋淋、赤裸裸地诲淫诲盗的书”[146]，耶和华是“杀人魔王”[147]。同时，他认为基督教是西方社会的一个“毒瘤”，曾经给西方社会带来了无数的灾难。“现在这个毒瘤有向中国扩散之势，而且还是最毒的部分。”因此“基督教将会是中华文化的一大威胁”[148]。
关于耶稣，方舟子认为“没有任何可信的史料证明曾经存在拿撒勒的耶稣这么个人”[149]。同时，方认为福音书中描写的耶稣“歧视残疾人”、“无同情心”、“伪善”、“暴力”且“撒了弥天大谎”[150]。
2013年7月，美国旧金山发生韩亚航空214号班机事故。在得知遇难学生是去参加基督教学校组织的夏令营后，方舟子评论道“上帝也不保佑保佑他们”[151]。
对法轮功的批判
方舟子自称在1996年法轮功刚刚开始在美国活动时就予以批驳过[152]。
新语丝网站上的“批判法轮功专辑”，收录了大量批判文章和揭发材料[153] 。方舟子表示，他“主张宗教信仰自由，不管信的是正教还是邪教，都是个人的事，不该受干涉”，但是“如果因为自己的信仰而危害了社会治安、威胁了别人的人身安全，骚扰、恫吓，则不该坐视，而应该追究法律责任”[152]。
為孫維辯護
2013年4月，由復旦投毒案引發了對清華大學朱令投毒案反思。在些事件中方舟子言稱對貝志誠、童宇峰、張捷不滿而介入事件，认为貝志誠有杀人动机及嫌疑[154]，并為嫌疑人孫維進行了辯護。
「打假资金」
2006年11月，何祚庥、郭正谊、司马南、袁钟成立了“科技打假基金筹备组”，由方舟子律师彭剑任秘书，面向社会募集捐款，用来资助方舟子打假（即“打假基金”）[155]，并申明将公开帐目、接受监督[156]。此外，2010年方舟子遇袭后，彭剑又以个人名义向社会募集“安保资金”，用于保障方舟子的人身安全。同时成立监管小组，向小组公开帐目并接受监督。这两项基金未向社会公布过其基金使用明细[157]。在2013年与崔永元有关转基因食品的争论中，这一点亦遭崔永元及其支持者的质疑[158]，被指为「黑资金」[159]。
2007年1月，冼岩发表评论，认为方舟子巧妙避开何祚庥曾留下污点的控制论、共振论和基因学说等，恰到好处既抨击“伪科学”，又保护了成为他衣食父母的何院士[160]。
为何祚庥授奖
2014年1月13日，610办公室主办的凯风网报导，在司马南主持下，“新语丝”网站经营者方舟子授予何祚庥由林树坤赞助的“新语丝科学精神奖”，奖金为一万瑞士法郎[161]。
何祚庥研究以江泽民“三个代表”为指导量子力学的发展论证江泽民‘三个代表’理论是科技创新评价体系的标准[162]。
遭袭事件
2010年8月29日下午5点，方舟子在北京的住所附近被两名不明人士用麻醉剂和铁锤袭击，受轻伤。当时，方舟子在一个茶馆接受辽宁电视台《王刚讲故事》采访，在结束后走出茶馆时被迎面喷射麻醉剂；袭击者同时试图使用铁锤击打其头部，但方及时躲开。方舟子在试图逃开时被铁锤击中腰部[163][164][165][166][167]。
9月21日下午，北京警方宣佈破获该案。经初步审查，该案系因肖传国认为方是民、方玄昌通过媒体、网络对其学术“打假”，从而导致其未能入选中国科学院院士，为报复二人，遂指使人袭击了方舟子[168]。10月10日，石景山区人民法院做出一审判决，认定肖传国“接受被告人戴建湘找人殴打方是民和方玄昌的建议”，犯寻衅滋事罪，判处拘役5个半月[169]。对此，方舟子質疑北京司法机关判决过轻，有放纵之嫌[170]。肖传国方认为判罚过重，并提出上诉[171]。11月2日，北京中院做出终审判决：维持原判[172]。2011年4月，肖出狱后，旋即召开新闻招待会[173]，为肖氏手术正名[174][175]，并在接受《新快报》采访时表示，自己并未雇凶伤人，只是未能阻止亲戚“教训”方舟子，并认为“寻衅滋事”的罪名有误，已提出申诉[176]。肖认为自己受到了媒体不公正的待遇，并于2012年4月起诉央视和北京市公安局，要求其致歉并恢复名誉[177]。
争议
被指“语言暴力”
方舟子常常对打假的对象进行激烈的人身攻击[178][179][180][181]，例如对打假的对象起带侮辱性的外号：称刘维忠为“猪蹄厅长”[182]，贺卫方为“贺不群”[183]，罗永浩为“罗装剽”[184]，科学松鼠会为“老鼠会”[185]等。类似的言论被多方指责，如法律学者萧瀚称之为“语言暴力”[186]。杂文家鄢烈山称方舟子“一点就炸”，行文用语粗暴，有“文革”红卫兵、红小兵的遗风[187]。
针对鄢烈山的指责，方舟子回应称[188]“犀利只是文章风格”。此外在2005年，方舟子引用鲁迅的话，認為：「如果说良家妇女是妓女，那是骂人，但如果说妓女是妓女，那就不是骂人[189]。」
被指“不愿认错”
方舟子被指从不对自己的某些被人认为错误的言行道歉，其“决不认输、决不认错是科学圈内公认的特点”[190]。在韩寒诉方舟子一案中，方舟子称「如果法院判我败诉，赔偿不能不交，不然法院会强制执行，但我不会道歉，没做错事，怎能道歉」[191]、“我不会道歉。包括以前十几起官司判我输了的，我从来都不道歉……你必须要承认自己错了才去道歉。但目前来说，我看不出我错在哪”[192]，此番言论遭到《法制晚报》评论的批评[193]。方舟子曾说过：“要让我承认失败或犯错，几乎是不可能的事:-)”[194]。
虽然受到如上指责，但对于事实清楚的失误，方舟子也曾承认错误，向当事人道歉。例如方舟子因为混淆了两个在匹兹堡大学的名叫“李勇”的教授，而两次发微博向当事人道歉[195][196]。
被指“多重标准”
有人認為，方舟子有时在打假中对不同的人或事物使用了不同的标准，如北京大学教授刘华杰曾说：“方舟子批评别人采用的是一套标准，自己做事采用的是另一套标准”；中国社科院学者易华认为方“反差很大，双重标准明显———看别人的毛病很清楚，自己的缺陷不觉察[197]。”
对此，方舟子曾回应称[198]：“本来就是应该选择性的打假，那么多我怎么可能什么事都管？我当然指的是找那些我认为比较严重，或者我觉得有意思的、感兴趣的”。
被指“话语霸权”
方舟子被批评为在新语丝网站上既是老板，又是编辑，又是辩论对手[199]。清华大学科技史教授刘兵认为，方舟子在学术打假时集“侦查、控告、审判”于一身；其对“假”的认定，并非由学术共同体以集体的方式来认定。另外，在不同观点并存的情况下，阐述自己的观点，并理解他人观点的合理性，这是学者最基本的态度，方舟子没有做到这一点[200]。北京大学教授刘华杰等人亦指责方舟子用科学的帽子打压人[201]。
对此，方舟子在2010年接受南方都市報采访时，稱所谓「话语霸权」是没有依据的[202]。他強調自己的话语权和普通人一样，自己只是提供一个平台，手上並沒有做法官的權力，打假只是个人见解，不会使造假者受到什么惩罚[202]。
被质疑“抄袭”和“造假”
2011年3月30日，《法治周末》用四个整版的篇幅刊登了《方舟子涉嫌抄袭总调查》[203]，文中指出：方舟子发表于2006年12月11日《经济观察报》上的《现代药物是怎么开发出来的》一文，系抄袭自网友“颖河”的九篇系列文章《认识药物》，连原文的笔误都照抄不误。对此，方舟子辩称“科普文章和论文的标准是不一样的”，因此“称不上抄袭”。[204]。密西根州立大学教授鲁特-伯恩斯坦稱方舟子在1995年发表在网上的一篇文章《科学是什么》中剽窃了他的著作：《科学是什么》全文1600字，其中约有900字几乎原文引自他的《神创论是科学的理论吗》一文，但并未注明出处[205]。该文被收录在2007年出版的《方舟子破解世界之谜》中时，亦未提到伯恩斯坦。据此，网名“亦明”的学者葛莘于2010年10月17日向密歇根州立大学发出举报信。19日，方舟子改动了新语丝网站的网页，在原文加上了“根据美国学者Root-Bernstein的归纳”的字样。此后，密大诚信负责人吉姆斯·皮瓦尼克回信称该文章虽满足“学术不端行为”的定义，但无可信证据证明是方舟子于1995年所写。在葛莘提供了相关证据后，大学以“方舟子的文章与他在该校学业无关”为由，拒绝进行进一步调查。对此，原作者鲁特-伯恩斯坦教授在确认方舟子抄袭他的文章的情况下，对校方的处理意见表示不满，并向校方举报方舟子抄袭他的文章[206]。方舟子则回应称该文只是发表于中文论坛上的一個「非正式的、随意的跟帖」，当时只注明了是「科学哲学界的共识」，并未声称是自己的「原創思想」。而此后将此文收录于正式出版物中时，已经明确注明出处，因此不能算作剽窃[207]。但鲁特-伯恩斯坦在回信中认为方舟子在没有取得其允许的情况下大量拷贝原文内容，即使注明来源也同样构成抄袭[208]。
方舟子在参加北京电视台《第七日》节目时，该节目下方的滚动字幕中介绍方舟子是“麻省理工学院生物学博士”，受到一些人的质疑[209]，事后方舟子以称是该节目单方面的失误[210]。
《纽约三民主义统一中国大同盟盟讯》刊登的署名罗子的文章指责方舟子“以打假之名到处胡说八道、声名狼藉”[211]。
被质疑“诈捐”
2012年初，罗永浩发表微博质疑由方舟子的律师发起，并以方舟子为主要受益人的“打假基金”和“安保基金”涉嫌诈捐和漏税的行为，并向公安局经侦科和民政局举报。
央视记者王志安因为其好友、中国农业大学副教授朱毅的论文造假被方舟子等网友质疑，而与方舟子结下私仇。2015年12月22日开始，王志安连续在新浪微博发文质疑安保资金涉嫌诈骗。
2015年8月19日，方舟子向北京市海淀区人民法院起诉王志安名誉侵权[212]。
目前王志安被方舟子起诉诽谤案，法院正在审理之中。
荣誉
2010年12月18日，由中国数字科技馆与互动百科共同主办的“2010知识中国盛典”举行，方舟子获得“2010知识中国”年度人物[213]。
2012年11月，方舟子与英国人西蒙·威斯利一起被授予首届“约翰·马多克斯捍卫科学奖”，一个由慈善机构“理解科学基金会”组织，《自然》杂志赞助的奖项[2]。
2013年6月，方舟子获得了总部位于美国奥斯汀[214]的盈利性商业机构[215]“注册舞弊审核师协会”颁发的“克里夫·罗伯森哨兵奖”[216]。
著作
方舟子在获得生物化学博士学位后不久即转行从事科普工作，有相对较少的学术著作，大量科普著作，还有一些文史散文、诗歌等。
学术论文
方舟子有第一作者（与Burton教授合著）的生物化学方面的英文论文一篇[217]，非第一作者生化专业论文三篇[218][219][220]。
专利
- Cyclin T, A New HIV Target Inventors: Katherine Jones, Ping Wei, Mitchell Garber, Shi-Min Fang
- PATENT STATUS: U.S. Patent No. 6,270,956 issued August 7, 2001, U.S. Patent No. 6,284,456 issued September 4, 2001, Published PCT application WO99/29730
著作
- 《进化新解说》跨世纪科学丛书，香港天地图书有限公司，1997年，ISBN 962-950-245-3
- 《法轮功解剖──一位海外学子的立场》德先生茶馆丛书，湖南人民出版社，1999年8月，ISBN 7-5438-2065-X
- 《网路新语丝》（主编）网络文化丛书，河北人民出版社，2000年1月，ISBN 7-202-02682-1
- 《方舟在线》北京理工大学出版社，2000年6月，ISBN 7-81045-702-0
- 《进化新篇章》中国科普佳作精选，湖南教育出版社，2000年12月，ISBN 7-5355-3354-X
- 《叩问生命──基金时代的争论》天津教育出版社，2001年1月，ISBN 7-5309-3278-0
- 《溃疡──直面中国学术腐败》海南出版社，2001年6月，ISBN 7-5443-0048-X
- 《长生的幻灭──衰老之谜》看世界丛书，上海科学技术出版社，2002年11月，ISBN 7-5323-6718-5
- 《江山无限──方舟子历史随笔》春秋文丛，福建人民出版社，2004年5月，ISBN 7-211-04722-4
- 《餐桌上的基因》科学的眼睛丛书，少年儿童出版社，2005年4月，ISBN 7-5324-6503-9 （2007年8月第二版更名为《食品转基因》，ISBN 9787532472956）
- 《基因时代的恐慌与真相》广西师范大学出版社，2005年8月，ISBN 7-5633-5436-0
- 《寻找生命的逻辑──生物学观念的发展》上海交通大学出版社，2005年9月第一版，ISBN 7-313-04005-9，2007年第二版
- 《科学成就健康》赛先生科学与生活系列丛书，新华出版社，2007年1月出版，ISBN 978-7-5011-7777-6
- 《批评中医》“中医新世纪大论战”丛书，中国协和医科大学出版社，2007年3月第一版，ISBN 978-7-81072-876-8[221]
- 《方舟子破解世界之谜》陕西师范大学出版社，2007年8月第一版，ISBN 978-7-5613-3703-5
- 《方舟子带你走近科学》陕西师范大学出版社，2007年11月第一版，ISBN 978-7-5613-3805-6
- 《爱因斯坦信上帝吗？──方舟子解读科学史著名谜团》广西科学技术出版社，2009年8月第一版，ISBN 978-7-80763-312-9
- 《大象为什么不长毛：方舟子破解科学谜题》海豚出版社，ISBN 978-7-51100-327-0
- 《我的两个世界》，百花洲文艺出版社，2012年，ISBN 978-7-55000-324-8
- 《方舟子自选集》，人民邮电出版社，2013年，ISBN 978-7-115-31253-2
- 《科舟求健──方舟子谈健康》，同心出版社，2014年，ISBN 978-7-5477-1227-6
- 审译《HOW & WHY美国经典少儿百科知识全书》，广西科学技术出版社，2014年，ISBN 978-7-80763-778-3
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